初分泌的各种胰酶都是无活性酶原，排至十二指肠后才被激活发挥作用。胰蛋白酶原被小肠上皮细胞刷状缘表面的肠激酶激活，失N端六肽变成胰蛋白酶。胰蛋白酶再激活胰凝乳蛋白酶原、弹性蛋白酶原和羧基肽酶原，使变成相应的酶（图2-5）。胰蛋白酶原的分泌受肠内食物蛋白的影响，当胰蛋白酶与食物蛋白结合完毕后，多余的胰蛋白酶能抑制胰腺再分泌。
胰酶水解蛋白的产物，仅1/3为氨基酸，其余为寡肽（10个氨基酸以下的肽链）。肠液中肽酶极少，而在肠粘膜细胞的刷状缘和胞液中，分别含有多种寡肽酶，能从肽链的N端逐步水解肽链，称之为氨基肽酶。刷状缘含有的酶能水解2～６个氨基酸组成的肽；肠液中的酶主要水解二肽、三肽。一般认为正常情况下，四肽以上的肽链遇到刷状缘，先水解为三肽或二肽，吸收入细胞后再进一步分解为氨基酸。
L-氨基酸和二、三肽主要通过耗能需钠主动转运从肠壁吸收。在肠粘膜细胞膜上，具有吸收不同种类氨基酸和二、三肽的高度专一性的转运体系。D-氨基酸可能与相应的的L-氨基酸利用同一转运系统，但它和该系统的亲和力远不及L-氨基酸。在蛋白质代谢产物的吸收中，二、三肽的吸收速率比氨基酸快，中性和较为亲水的氨基酸的吸收速率又比碱性和较为疏水的氨基酸为快。
肠道中的蛋白质并非全部来自膳食，还有来自脱落粘膜的上皮细胞和消化酶等内源性蛋白质。据估计成人每天有内源性蛋白35～g（蛋白质摄入量低时少些）参与体内蛋白质代谢。内源性蛋白不受烹煮和胃酸的作用，而且表面被肠液粘蛋白保护，故较难消化。大部分内源性蛋白质需进入回肠才能充分消化吸收。在回肠末段和大肠中细菌的酶也能分解蛋白质，但人的结肠不能吸收氨基酸，生成的氨基酸只能随粪便排出。